Marmara, Kuzey Ege ve Batı karadenizde balıkçılık ve kirlilik sorunları, bölgedeki iç su rezervlerinde (göl, gölet, baraj gölü) balıkçılık, kirlilik ve sürdürülebilir bir çevre için araştırmalar yapmak üzere Tarım ve Köyişleri Bakanlığının 04.07.2005 tarih ve 527 Sayılı olurları ile Enstitümüz bünyesinde Su Ürünleri Bölümü kurulmuştur. Bu amaçla Balıkesir İl Özel İdare Müdürlüğüne ait Edincik-Erdek yol kavşağı üzerindeki sosyal tesis Enstitümüzce kiralanmış ve tadilatı bitirtilmiştir.
Enstitümüz, ülkesel ve Güney Marmara bölgesinde büyükbaş, küçükbaş ve küçükevcil hayvancılık konularında temel ve stratejik araştırmalar yaparak hayvanlardan elde edilen verimleri ıslah ve yetiştirme araştırmaları ile geliştirmek, yün ve yapağı kalitesini iyileştirmek, çayır mera amenajmanı, yem bitkileri, yemler ve hayvan besleme, hayvan genetik kaynaklarını korumak, organik hayvancılık, hayvan barınakları ve refahı ile sosyoekonomik araştırmaları yaparak, hayvancılık konusunda veri toplama, değerlendirme ve biyoteknolojinin hayvancılık araştırmalarında kullanılması amacı ile çalışma konuları kapsamında laboratuar imkanlarını geliştirmek, literatür temin etme, eğitim yaptırma ve yayın yapmak görevleri arasındadır.
Enstitümüz ülkesel görev alanı kapsamında ülkenin tamamı ile bölgesel görev alanı içinde Balıkesir, Bursa, Bilecik, Çanakkale, Sakarya, Kocaeli, Tekirdağ, Kırklareli, Edirne, Manisa, İzmir, Aydın, Denizli, Muğla illerinde bu görevleri yerine getirirken çağdaş bilgi ve teknolojiler doğrultusunda üniversite, ilgili hayvancılık kurumları ve özel sektör kuruluşları çok disiplinli araştırma projeleri ile hayvancılık sorunlarına farklı çözümler geliştirmek amacını hedeflemektedir.